O principal desafio é a dependência dos processos manuais, muitas vezes oriundos da não automatização dos processos de dosagem de produto químico e de análise da qualidade da água ao longo das etapas do tratamento da ETA. Para isso, o desafio requer a inclusão de bombas dosadoras com maior amplitude no range de vazão, adaptáveis aos produtos químicos e a grandes oscilações de dosagem, bem como formas de reduzir ou mitigar as deficiências hidráulicas e estruturais de algumas etapas do tratamento (mistura rápida, floculador, decantador, filtro) que possam prejudicar a eficiência da ETA.